Kovaľov sa stal jedným z popredných členov prodemokratického hnutia
ZSSR. Za svoj aktivizmus bol zadržiavaný v sovietskych pracovných
táboroch.
Kovaľova, niekdajšieho sovietskeho disidenta a biológa, zvolili v roku
1994, počas vlády prezidenta Borisa Jeľcina, za predsedu komisie pre
ľudské práva. Z tejto pozície ostro kritizoval vojnu v Čečensku
(1994-96), za čo ho neskôr z funkcie odvolali. Kovaľov varoval aj pred
úpadkom demokracie, keď sa v roku 2000 dostal k moci prezident Vladimir
Putin.
"U nás sa vytvára kontrolovaná demokracia, ktorá sa snaží vytvárať problémy nepriateľom vnútri i vonku," povedal v júli 2001, dva mesiace po inaugurácii ruského prezidenta Putina.
Kovaľov získal viacero medzinárodných vyznamenaní za ochranu ľudských
práv. V roku 2009 mu udelil Európsky parlament Sacharovovu cenu za
slobodu myslenia.